Před čtvrtstoletím bylo oblíbené místo víkendových procházek a sportovních akcí vyhlášeno přírodní rezervací. Hlavním důvodem byla ochrana míst, jež mají značný geologický význam. Zřejmá byla i snaha udržet v údolí podmínky pro chráněné rostliny a živočichy. Otisky ve zdejších horninách jsou dokladem pravěkého života. V údolí jsou unikátní paleontologická naleziště, o něž se v 19. století zajímal francouzský geolog a paleontolog Joachim Barrande. Svými výzkumy prvohor, které shrnul v rozsáhlé vědecké práci, proslavil české země v geologických vědách po celém světě. Nalézají se zde např. zkameněliny graptolitů, tentakulitů, ramenonožců, trilobitů aj.
Prokopské údolí hodně změnila zemědělská činnost a hlavně intenzivní těžba vápence započatá dle písemných pramenů již v roce 1820. Téměř celý severní svah Prokopského údolí je změněn odlámáním. Východní stěna bývalého Svatoprokopského lomu je jedním z nejcennějších geologických profilů. Odkryv je významný i z tektonického hlediska. Stěny lomů pod Dlouhým hřbetem jsou tvořeny hlíznatými vápenci pražského souvrství. Lomy u jezírka jsou z dalejských břidlic, vápence dalejsko-třebotovského a chotečského souvrství. Vápenec se nalézá i na Kynychově vrchu, v Sekané rokli, na tzv. Klouzačce, lomu Švagerka a v lomu v Děvínské rokli.
Těžba i zemědělství ustaly v polovině 20. století, místech vedení buštěhradské dráhy již dříve.
Osou údolí je Dalejský potok, který pramení v Chrášťanech ve výšce 384 m a ústí v Praze do Vltavy ve výšce 187 m. Jeho délka je 13,5 km. V Řeporyjích se do něj vlévá Jinočanský potok a pod Butovickým hradištěm potok Prokopský. Všechny zdejší toky byly mnohokrát upravovány, sváděny do desítek rybníčků a mlýnských náhonů, které zanikaly.
Prokopské údolí je floristicky nejbohatším územím přírodního parku. Jsou zde nivní louky, lužní a suťové lesy, dubohabřiny, skalní stepi a stepní trávníky, celkem asi 550 druhů rostlin. Začínají se tu objevovat i náletové dřeviny (šípková růže, trnka..). Bylo zde zjištěno 46 druhů samotářských včel, 5 druhů čmeláků, 14 druhů blech, 1575 druhů motýlů..
Přírodní rezervace Prokopské údolí má rozlohu 101,5 hektaru. Více než čtyřicet procent pokrývá les, pětinu skalní stepi a teplomilné trávníky. Je zde především vápenec siluru a devonu a několik lokalit je vulkanického původu, z nichž nejvýznamnější je skalní útvar Hemrovy skály. Vulkanické horniny vyvřely asi před 430 miliony let na mořské dno a vytvořily podmořskou sopku až k hladině moře. Na plošině na západ od Dívčích hradů je doložena vrty H-7 a J-1 existence krasových jevů. Krasový tok je patrný i z popisu Prokopské jeskyně a jeskyně pod Barrandovským mostem, která je dnes zaplněna betonem. Prokopská jeskyně patřila k největším jeskyním až do roku 1880, kdy začala být odlamována za účelem těžby vápence. J. Arbes se zmiňuje o puklině, za níž bylo slyšet zurčení vody. Možná to byl právě tento pramen, který v roce 1905 zatopil nedaleký lom a vytvořil Hlubočepské jezírko dlouhé 107 m, široké 26 m a hluboké 10 – 12 m. Při těžbě pod jeskyní došlo ke zřícení přední části jeskyně. V postranní chodbě se pak nalezly kosti zvířat z doby ledové (koní, kozorožců, jelena, soba, pratura, bizona, nosorožce, medvěda či mamutí stolička). Při další těžbě nálezů přibývalo. Od roku 1883 je chodil sbírat cestoval a učitel J. Kořenský, který zde našel i lidské ostatky - spodní čelist. Původně byla označena za neandrtálskou, ale pozdější výzkumy uvádějí stáří menší. Za druhé světové války byl zbytek jeskyně upraven pro vojenské účely. V roce 1943 při okupaci zde Němci začali uskutečňovat projekt podzemní továrny Junkers. Po válce se prostory jeskyně dostaly pod správu čs. armády, která je užívá dodnes. Nad lomem stával kostel svatého Prokopa, který byl kvůli těžbě zbořen v roce 1966. Byl postaven v prostém barokním slohu. Presbytář je půdorysu čtvercového a má mělkou klenbu. Hlavní oltář je barokní, zdobený obrazem sv. Prokopa, v horní části sousoším nejsvětější Trojice. Na boční stěně jsou dva zajímavé obrazy P. Marie z 18. století. Při pilíři jest barokní kazatelna zdobená soškami. Další oltáře jsou vesměs barokní. Na stěnách lodi jsou rozvěšeny čtyři velké obrazy od Jana Jiřího Heintsche a byly sem patrně přeneseny z některého zrušeného kláštera jesuitského. Zvon Prokop z roku 1867 od Anny Bellmannové v Praze na Novém Městě měl průměr 43 cm, výšku 36 cm a hmotnost 55 kg. Zavěšen byl ve věži kostelaVe střížce nad presbytářem jsou dva malé zvony. . Nápis: SV. PROKOPE, PROS ZA NÁS. Byl rekvírován v 2 sv. v. Další dva zvony z roku 1838 byly údajně zachovány ještě koncem 50. let.
Na Dalejskou skálu v Prokopském údolí se v roce 2007 po 50 letech vrátil velký dřevěný kříž, připomínající zakladatele Sázavského kláštera sv.Prokopa, který zde podle legend kdysi žil. Z jeskyně, kterou obýval v dobrovolné samotě, podle pověsti křížem vyhnal ďábla. Prokop (asi 985 až 1053) byl prvním Čechem, jehož papež svatořečil. Od této události v roce 2007 uplynulo 800 let.
Péče o rezervaci stojí Prahu ročně několik set tisíc korun. S údržbou a odstraňováním vandalských činů jí vydatně pomáhají občanská sdružení. Příští rok město vybuduje v údolí další větev naučné stezky, která povede přes butovické hradiště, řekl Petr Slavík. Naučnou stezku, která prochází údolím, lidé soustavně ničí, poškozují značení chráněného území i drobné vybavení rezervace. Přírodní prostředí narušují i neukáznění cyklisté na horských kolech. Město spolu s městskou policí pořádá nárazově dny zvýšeného dohledu. Nad vybranými částmi mají strážníci zvýšený dohled po celý rok.
Literatura: Němec, Jan. Prokopské a Dalejské údolí – přírodní park. Praha: Consult, 2003. Štraub, Miloš. Jenková, Jitka. Tajemné podzemí. Praha. Praha: Regia, 2005. Žáček, František. Stehlík, František. Historický a orientační průvodce Prahou. Praha: Nakladatelství Františka Stehlíka, 1929.