Původně viničná usedlost z konce 17. století stojí na pozemcích bývalého kartouzského kláštera. V roce 1696 zakoupil pozemek Jan Jiří Templman společně s Františkem Vojtěchem Petzendorfem. Téhož roku jí prodali Fideliovi Weiblovi, o pár týdnů později ji na tři roky koupil prokurátor Menšího Města Jan Jiří Eiegel s chotí Annou Marií. Nynější usedlost postavil asi bohatý malostranský sládek Jan František Pimskorn na přelomu 17. a 18. století.V roce 1710 novou usedlost s vinicí kupuje Jan Jiří Jelínek, purkminstr Menšího Města, s chotí Kateřinou. Následovala dražba usedlosti, kdy královští komisaři Josef Stamberský a Bernard Palma s Annou Marií Karpíškovou a jejími nezletilými dětmi Františkem a Rozinou dne 16. února 1723 prodali vše řezníkovi z Menšího Města Vojtěchu Jiřímu Filipovi a jeho choti Anně Kateřině. Název získala podle jedné z majitelek Františky Bertramské, rozené ze Zornfelsu, která ji pod názvem filipovská zahrada zakoupila 7. března 1743. Ta jí v poslední vůli odkazuje svému muži Františkovi, vrchnímu revidentovi královského berního úřadu. Ten odkazuje, kromě zeleného salonku, říšskému hraběti Františkovi Leopoldovi de Longweval z Buqoi. Ten v roce 1766 usedlost s polnostmi prodává paní Terezii Benediktové, manželce královského proviantního oficíra. Ještě v témže roce usedlost kupuje Marie Anna Kavínská. Klasicistně byla přestavěná ve 2. pol. 18. století.
Roku 1784 se „vinice za Újezdskou branou ležící, obecně Bertramkou zvanou, dříve Kolbovský dvůr, se všemi k tomu patřícími osetými polnostmi, zahradou a štěpnicí, obytným domem, sýpkou, s pěti kravami a dvěma tažnými voly, vozem a pluhem“ stala za 3525 zlatých majetkem manželů Duškových - klavíristy, pedagoga a skladatele Františka Xaveria a jeho ženy, operní pěvkyně
Josefíny, kteří se pravděpodobně zasloužili o pražské uvedení Mozartových oper Únos ze Serailu, Figarova svatba a o pozvání jejich autora do Prahy. Usedlost je světově proslulá pobytem W. A. Mozarta, který tu byl hostem manželů Duškových v roce 1787 a dokončoval zde operu Don Giovanni těsně před jeho památnou pražskou premiérou 29. 10. 1787. Zde také Mozart složil a paní Duškové věnoval koncertní árii Bella mia fiamma, addio. Znovu tu pobýval v roce 1791. V této době vypadala Bertramka jinak, než jak ji známe dnes. Mozartův nejstarší syn Karel vzpomíná ve svém dopise Adolfu Popelkovi na cestu na usedlost: “S očima zavázanýma bych si ani nyní ještě – po padesáti devíti letech – cestu tam jistě nezmýlil. Jde se za Újezdskou bránu podle zahrady
hrabat Buquoiů po levé a hostince U čísla prvního po pravé ruce; pak silnicí asi čtvrt míle dále, potom se odbočí na silnici vpravo se oddělující, užší, ale také sjízdnou, a dojde se do kaštanové aleje, která vede až k vratům předního dvora panské usedlosti.“
Samotná Bertramka měla zdobenou táhlou lomenou střechu krytou prejzy po způsobu staveb z let 1700, což bylo typické pro tehdejší okolí Prahy.
Po smrti svého manžela v roce 1799 Josefína Dušková Bertramku prodává paní Alžbětě Ballabenové. Z kupní smlouvy se dozvídáme informace o vnitřním vybavení domu „… k tomu patřící budovy se vším, co je uvnitř přikuto i přibito, neméně se vším vnitřním zařízením, avšak s výjimkou porcelánu, maleb, mědirytin, pak lustrů a k tomu přináležející bronzi a malého stolku v kabinetu, jakož i jejích dvou knihoven, všechno se vším, jak stojí a leží“ za 7630 zlatých vídeňské měny. Roku 1838 usedlost po exekučním řízení koupil velký ctitel Mozarta Lambert Popelka, později přechází na syna Adolfa. Prvního ledna 1871 došlo k velkému požáru, který změnil vnitřní i vnější podobu usedlosti. Zachována naštěstí zůstala část budovy, kterou Mozart obýval. O podobě budovy před požárem se však bohužel nedochoval žádný dokument.
První pamětní knihu na Bertramce založil Adolf Popelka při oslavách 120. Mozartových narozenin. Na prvním místě je podepsán autor plastiky Mozartova poprsí Tomáš Seidan. V roce 1887 při oslavách 100. výročí od uvedení Dona Giovanniho navštívil Bertramku Antonín Dvořák, Zdeněk Fibich a Otakar Hostinský. Do této knihy se návštevníci zapisovali až do roku 1927.
Poslední majitelka Matylda Slivenská vilu odkázala v roce 1925 mezinárodní nadaci Mozarteum ve Vídni, r. 1929 ji koupila za půjčku od Městské spořitelny pražské ve výši 190.000 Kč Mozartova obec v Praze (založena r. 1927), v jejímž majetku zcela mimořádně zůstala až do r. 1986. V roce 1986 převzal budovu stát, v následujícím roce prošla rekonstrukcí. Památník W. A. Mozarta a manželů Duškových na Bertramce byl založen v roce 1956 Národním muzeem.
1. 12. 2000 byla zde otevřena nová stálá expozice, která vyplňuje obytné patro o sedmi místnostech, ve dvou z nich Mozart bydlel. Prostory byly uvedeny do původního stavu a vybaveny původním nábytkem, byly sem soustředěny veškeré památky na Mozarta a manžele Duškovy jako hudební nástroje, rukopisy, dopisy, obrazy, rytiny, tisky a další dokumenty.
K Bertramce patří zahrada, v níž stojí sala terrena s původními malbami z let 1700 a 1780 (slouží jako koncertní síň), pískovcová fontána se sochou Živý pramen od J. Kodeta z roku 1975 a plastika skladatelova poprsí od T. Seidana z roku 1876.
Pod usedlostí se nacházejí hluboké sklenuté sklepy určené k úschově mléka včetně bazénku s vodou.
Literatura: Bertramka. Památník W. A. Mozarta a manželů Duškových. Praha: Sportovní a turistické nakladatelství, 1964.